原发性乳糖不耐症
可由环境因素所致，例如在一个没有奶制品的环境下给小孩断奶。这种情况经常发生在亚洲与非洲国家，在那里产业化的市场化的乳制品行业尚未建立。
继发性乳糖不耐症
可由环境因素所致；或由特定肠胃疾病所致，包括罹患肠道寄生虫等，在上述情况下，制造乳糖酶的官能将被永久性的破坏。肠胃炎是一种常见的致病原因，它会导致暂时性的乳糖不耐，尤其是在轮状病毒(一种致婴儿或新生畜胃肠炎的病毒)致病的情况下。若婴儿乳糖摄入过多也会导致暂时性的乳糖不耐。
先天性乳糖酶不足
这是由于遗传功能紊乱造成的生产乳糖酶的官能失灵。这种与生俱来的病症可以在出生后不久确诊。
乳糖不耐症除引发腹部不适症状外，还可造成宝宝营养吸收不良，减少钙的摄入，造成小儿严重缺钙；乳糖不耐症还可影响宝宝铁和锌的吸收，直接影响宝宝的正常生长发育，特别有可能影响宝宝的脑发育，如果是服用牛奶乳糖不耐症的宝宝，请不要以牛奶制品为主要食物来源，可以选择除乳糖的牛奶粉、酸奶、豆奶、羊奶粉、羊奶。需要了解的是，据统计有些患有乳糖不耐症但没有出现胃、肠不适的症状，这种人群被称为“隐性乳糖不耐症”，如果宝宝是隐性乳糖不耐症对其生长发育的危害就较大了。现在全国小儿佝偻病防治研研协作组的有关专家已研制成一种简便的测定乳糖耐受能力的方法，只要收集宝宝饮用牛奶后2—3小时的尿液约5ml，几分钟，就可以测试出宝宝是否是乳糖不耐受体制，为了宝宝的健康，家长不妨到医院测试一下，如果宝宝是乳糖不耐症，就选择其它奶品为好，譬如可诺贝儿羊奶。