当英国医生Andrew Wakefield， 第一次提出MMR跟后天肠道疾病和自闭症之间可能存在一定关联时，迅速遭到了广泛的驳斥。但是，对一组自闭症儿童的发炎的肠道组织所做的专门研究在他们的肠道组织的切片中发现了麻疹病毒，而这里发现的麻疹病毒就是疫苗株。其他研究也找到了自闭症的发端跟麻疹病毒在肠道肆虐之间的关联。最近，哈佛的肠胃病学家Timothy Buie描述了近400个儿童，并且在其中一组孩子身上发现了Andrew Wakefield及其同事描述过的回肠淋巴增生的症状。另外，日本的独立研究小组川马等人报道了麻疹病毒存在于一组自闭症亚型孩子身上，这个病毒造成了血脑屏障发炎，使得少量的病毒进入中枢神经系统(CNS)。大多数接种疫苗的儿童都接受过轻微形式的麻疹病毒注射。麻疹病毒每年传染到四千万人，并通过抑制免疫系统和干扰中枢神经系统夺取其中一百万人的生命。多数受到剧烈形式麻疹传染的人居住在不发达国家。总体来说，麻疹疫苗拯救了数以百万计的生命。然而，麻疹疫苗通常以三合一的组合形式来注射，另外两种是腮腺炎和风疹疫苗，通称为MMR。MMR据称继续挽救着数以百万计的生命，由于大量数据表明麻疹病毒的疫苗株引起肠道疾病，所以MMR也可能诱发或者推动了成千上万个退化型自闭症，这也是英国医生Andrew Wakefield的看法。直到最近，他一直在英国伦敦的皇家自由医院担任肠胃病学家和研究者。这位备受尊敬的临床研究者发现了自闭症和MMR的特定麻疹病毒株之间的关联。前面提过，Wakefield医生在肠道组织内和外周血液单核细胞内发现了疫苗衍生的病毒基因组。这些发现推动了一个自闭症成因模型的确立，即在一些病弱的孩子中MMR激发身体的自免疫反应攻击髓磷脂保护蛋白质MBP)。这个模型与长期从事自闭症研究的VK Singh的数据相吻合，他在文章中写到自闭症孩子的MBP抗体滴定水平偏高，通常这些孩子的麻疹病毒抗体滴定或者人体疱疹病毒抗体滴定也都偏高。包括Bernard Rimland在内的许多专家都称赞Andrew Wakefield的研究发现为自闭症病因学发展带来了光明。尽管医学官方机构极力反对这些成果，许多家长，医生和研究者相信MMR疫苗可能是导致自闭症发病率上升的真正原因，复合疫苗(一次注射多种疫苗)的危险性更大，对于遗传和后天的病弱性孩子的不利后果更大。